La implementación del sistema implica cambios en el diseño de la organización administrativa y judicial del estado y en sus relaciones con los niños/as y con la sociedad civil. En este sistema de protección integral el ámbito ejecutivo/ administrativo es el principal garante tanto de las políticas públicas universales (salud, vivienda y educación) como de las de protección especial de derechos (programas especiales) que aseguren el ejercicio de los derechos por parte de los niños/as y adolescentes.
Para ello crean y organizan los órganos administrativos de protección a nivel nacional y federal; dejando a determinación de las provincias y de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, en uso de su autonomía, la creación y organización de los organismos locales.
En el orden nacional se crea y organiza la Secretaría Nacional de Niñez, Adolescencia y Familia y se determinan sus funciones y en lo federal se crea y organiza el Consejo Federal de Niñez, Adolescencia y Familia como autoridad de aplicación de la ley.
Innegable importancia cobra la creación del “Defensor de Derechos de las Niñas, Niños y Adolescentes” (aún no implementado), con la finalidad de velar por la protección y promoción de sus derechos conforme a la Constitución Nacional y las leyes nacionales.
Las organizaciones no gubernamentales, también incluidas en la ley deberán, desarrollar programas y servicios dentro de sus finalidades. Son enunciados los principios a que deben ajustarse, sus obligaciones y se prevé un registro de éstas a nivel nacional y registros provincial y de la Ciudad de Buenos Aires.
Los niveles de gestión de los órganos de protección son:
Nacional: organismo especializado en materia de derechos de infancia y adolescencia en el ámbito del poder ejecutivo nacional – SENNAF.
Federal: es el órgano de articulación y concertación, para el diseño, planificación y efectivización de políticas públicas en todo el ámbito del territorio de la República Argentina. Se denomina Consejo Federal de Niñez, Adolescencia y Familia y está compuesto por representantes de los órganos de protección provincial de cada Provincia.
Provincial: es el órgano de planificación y ejecución de las políticas de la niñez, cuya forma y jerarquía, determinará cada provincia y la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, respetando las respectivas autonomías así como las instituciones preexistentes. Este órgano en los casos de provincias con legislaciones adecuadas a la ley nro. 26.061 se constituyen en Autoridades de Aplicación de esas leyes.
Las provincias podrán celebrar convenios dentro del marco jurídico vigente para municipios y comunas en las jurisdicciones provinciales, como asimismo implementar un organismo de seguimiento de programas de protección integral de los derechos de niñas, niños y adolescentes en coordinación articulada con las organizaciones no gubernamentales de niñez, adolescencia y familia.
Al promulgarse la Ley Nro. 26.061 las provincias deben adecuar sus legislaciones provinciales a los principios y orientaciones de la ley nacional. En ese sentido cada provincia crea los órganos de protección en el ámbito administrativo según su ordenamiento político institucional, características geográficas y demográficas etc., este último aspecto constituye el objeto privilegiado de estudio ya que en el desarrollo de los órganos protección provincial y de su modalidad de funcionamiento depende la real cobertura y efectividad del sistema frente a situaciones de vulneración de derechos en los ámbitos locales concretos donde los niños y niñas acceden al ejercicio de sus derechos.